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miguelmon Hola a todos. Lo que yo haría, humíldemente, es disponer, tal y como dice Photon, los paneles seriados pero con una salvedad y es dejar reserva para al menos una serie por si hay que ampliar en un futuro. Es decir:
Tu regulador MPPT admite 45 A, y supongamos una tensión de entrada máxima de 120 V (si tienes este dato, mejor)
Tus paneles atersa tienen una intensidad CC de 8,17 A y una V MP de 29,32 V
Entonces, lo "suyo" es colocar 2 string en paralelo de 3 paneles en serie cada uno ya que así tienes 88 V y por tanto puedes seriar en cada string (en un futuro por si hay que ampliar) un panel y en ese momento habría una tensión máxima de 117 V. Tanto ahora como en un futuro tendrías 8,17 A por string y no necesitas cableado mayor ya que con el de 4-6 mm2 (por eso el regulador no te admite cables "gordos" y no tendrías que bajar 35 mm2) que te traen sería suficiente si haces el paralelo abajo y no en cubierta. A la entrada de regulador tendrías 16 A y con eso no calientas el equipo. Yo bajo cada rama por separado con colores rojo y negro para evitar disgustos.
También puedes montar 3 string en paralelo de 2 paneles en serie cada uno y para un futuro montar un cuarto string por necesidades de ampliación. En este caso bajas la tensión (a 58 V) pero aumentas el número de conductores para la misma intensidad por rama pero a la entrada de regulador te aumenta a 25 A y se calienta más que antes. Es menos cómodo que la opción anterior aunque no llegarías a los límites de entrada del regulador.
Lo que si te aconsejo es que dejes preparada la estructura para montar dos paneles mas si quieren ampliar. Con la primera oción sólo tendrías que subir, desconectar cada string, colocar un módulo nuevo en cada serie y reconectar. No tienes ni que bajar cableado nuevo y además si "casca" un panel lo cambias y listo.
De protecciones coloca fusibles de 10 A (aunque esto es cuestionable) en CADA rama ANTES de hacer el paralelo y un interruptor de cc con poder de corte mayor a 100 A. Con esto te vas al MPPT y todo OK.
Espero haberte ayudado
Un saludo
EDITO: El segundo esquema que pones es el que yo también diseñaría